J. B. Pritzker sinh ra và lớn lên ở Atherton, San Mateo, California, là thành viên của gia đình Pritzker, một gia đình Do Thái nổi tiếng trong lĩnh vực kinh doanh và từ thiện vào cuối thế kỷ 20.[4][5] Gia đình Pritzker liên tục được xướng tên ở vị trí cao trong danh sách các Gia đình giàu nhất nước Mỹ của Forbes kể từ khi thành lập năm 1982.[6] Ông là một trong ba người con của Sue (nhũ danh Sandel) và Donald Pritzker,[7] với chị cả là Penny Pritzker, cựu Bộ trưởng Thương mại Hoa Kỳ, và anh trai là doanh nhân Anthony Pritzker.[8] Tên của ông được đặt theo tên hai người bác, tức anh trai của bố mình là Jay Pritzker và Robert Pritzker.[9] Ông nội của ông là Abe Pritzker, là một luật sư kinh doanh.[10] Thời trung học, ông học trường nội trú Massachusetts Academy Milton ở Norfolk, Massachusetts, và sau đó theo học, tốt nghiệp Đại học Duke ở Durham, Bắc Carolina với bằng Cử nhân Nghệ thuật (BA) chuyên ngành Khoa học chính trị. J. B. Pritzker tiếp tục lấy bằng Tiến sĩ Luật (JD) của Trường Luật Đại học Northwestern ở Evanston, Illinois. Ông là luật sư và là thành viên của Hiệp hội Luật sư tiểu bang Illinois và Hiệp hội Luật sư Chicago.